השינויים הרבים והתכופים בשנים האחרונות דורשים שינויי הערכות והכשרה במה שהיה נהוג עד כה במסגרת ניהול מערכות הרפואה הציבורית בישראל. מערכת הבריאות הגדילה את התחרות בתוכה – בין אם בין הקופות והשרותים השונים, בין אם בזמינות למרפאות החוץ וקיצור תורים, והגדילה את הביזור – קימות אפשרויות רבות לרשות האנשים לאותם שרותים: אדם יכול היום לבחור באיזה בית חולים להתאשפז – ואינו מחויב יותר להגיע אזורית לבית חולים ספציפי הקרוב למקום מגוריו לפי מפה כלשהי במשרד הבריאות. על העובדים במערכות הבריאות השונות והמתמחרות לעתים זו בזו להעמיד – הן רמת שרותים מכשור ושרות ברמה הגבוהה ביותר, ועם זאת להתמודד עם קשיים וצמצומים תקציביים עצומים. יחד עם התקדמות הטכנולוגיה, ובצמוד להסכמי העבודה החדשים לבקרים עם קהלי עבודה שונים כגון הסכמי הרופאים והאחיות החדשים ועוד, נדרשת כיום האקדמיה להעמיד לרשות עתודת הניהול במקצועות הרפואה כח אדם ניהולי אכותי.
התוכנית ללימודי תואר שני בניהול מערכות בריאות הנהוג באוניברסטאות ובמכללות שונות, לא רבות בארץ, שמה לה למטרה להכשיר אנשי מקצוע מובילים בתחומם לניהול מערכות בריאות בארץ ובחוץ לארץ. אנשים המסיימים תואר שני בניהול מערכות בריאות מהווים עתודה אנושית וניהולית, והם יהו בסופו של יום קובעי מדיניות ונהלים בכל המגזרים החברתיים הנהנים משרותי הרפואה בארץ. לימודי מוסמך בתואר זה כוללים לשם כך הכרות נרחבת כללית עם נושאים רפואיים רבים כגון אפידמיולוגיה, נושאים מנהלתיים כגון ארגון ומנהל, כלים פיננסיים כגון כלכלה ומימון, ועוד.
חלק ממסלולי הלימוד בלימודי תואר שני בניהול מערכות בריאות כוללים מסלולים עם תזה, או ללא תזה. הלימודים לרוב מתחשבים בקהל הלומדים העובד, ומצליחים להקים לרשותו מערכת לימודים המרכזת את כלל השעורים לכדי יום בשבוע למשך שנתיים, או יומיים בשבוע למשך שנה. קימות אף אפשרויות לתת- התמחויות נוספות. לדוגמא גרונטולוגיה ומנהל שירותים לזקן – תוכנית המתמודדת עם האתגרים העצומים איתם נדרשת להתמודד בין היתר גם מערכת הרפואה בישראל, לאור הגידול העצום בזיקנה: האצה עצומה בכמות הזקנים ובאריכות החיים בכלל בעולם המערבי ובישראל בפרט. תת- ההתמחות מתמקדת בהבטים המיוחדים של הפעלה ותכנון שרותי בריאות לקשיש, במסגרת הקהילה ובתי החולים.